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黄芩和黄芪的区别比较大，功效不同、形态不同、成分不同、别称产地不同、应用人群不同。
黄芪：根呈圆柱形，长30-90厘米，直径0.7-3.5厘米，表面呈淡棕黄色至淡棕褐色，外皮剥落后有的可见网状纤维束，气微，味微甜，有豆腥味。黄芩：根呈圆锥形，长8-25厘米，直径1-3厘米，表面呈棕黄色或深黄色，表皮粗糙，有不规则的网纹，下部有顺纹和细皱，味苦，性寒。所以黄芩和黄芪功效不同、形态不同、成分不同、别称产地不同、应用人群不同。
1、功效不同，黄芩具有止血安胎、清热解毒的功效，主治温热、上呼吸道感染、咳嗽、肺炎等，也可治疗胎动不安、高血压、痈肿疖疮等症。而黄芪主要为补气升阳、利水消肿的功效，主治气虚体乏、食欲减少、腹痛腹泻、盗汗等症。
2、形态不同，黄芩是唇形科多年生草本，它的根茎为肉质肥厚根，也是入药部分，叶片坚硬纸质，呈披针形，花序在茎或枝上顶生，花色是紫红色或蓝色。而黄芪是豆科多年生草本，叶片呈羽状复叶随着，有十几片以上的小叶丛生，花序较密，多十几或二十几朵丛生，这点和黄芩有明显的区别。
3、成分不同，黄芩主要含有黄芩素、黄芩黄芩甙、汉黄芩素、汉黄芩甙等成分，性味苦寒，是清热败火的药材。而黄芪主要含有苷类、多糖、黄酮、氨基酸、微量元素等成分，性微温，是补气养元的药材。从以上成分即可看出，它们而且药性不同，功效与作用区别极大。
4、别称产地不同，黄芩别称山茶根、土金茶根等，产于黑龙江、辽宁、内蒙古、河北、河南、甘肃、陕西、山西、山东、四川等地。黄芪别称棉芪、黄耆、独椹、蜀脂、百本、百药棉等，产于我国华北、西北及东北。
5、应用人群不同，黄芩主要功效是清热燥湿，适宜湿热的人群，所以适宜痈肿疮毒患者，血热出血患者以及胎动不安的孕妇使用。而黄芪主要功效是补气升养，适宜脾气虚弱，面色苍白或黄萎；中汽下陷导致脱肛，子宫下垂、慢性风湿性的关节炎人群。
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